ネットで調べてみたところ、Windows7?でのやり方が見つかったので、それに準じる形でいろいろと操作。
(2016.9.26追記)2016.9.21の日記に書いたとおり、Windows 10 Anniversary Updateの適用後は以下の手順では設定できなくなっているようです。
まずはデスクトップで右クリックして、「ディスプレイ設定(D)」を選択。

ディスプレイのカスタマイズ画面が表示されます。

青いモニタ画像の下にある「検出する」をクリックすると、

「ディスプレイが見つかりません」というモニタが追加されます。
そのモニタをクリックして、「複数のディスプレイ」の項目で「次での接続を試行する:VGA」を選択します。

ディスプレイの数字が「3」になりますが、「複数のディスプレイ」の項目は「このディスプレイの接続を切断する」となります。

改めて、「複数のディスプレイ」の項目で「デスクトップをこのディスプレイに拡張する」を選びます。

画面がチカチカして切り替わります。このときモニタの並びが入れ替わったりするので、青いモニタの画面をつまんで自分の好みの並びになるようにマウスで調整します。メインのディスプレイが入れ替わったりした場合も再設定します。
これで、共存ができるようになります。
例として、HandBrakeではエンコーダに「H.264 (Intel QSV)」が選択できるようになりました。

ただ、これをやるとグラフィックカードのドライバーを更新したり、全画面表示したりするアプリ(ゲームとか)を実行したりした際に、表示していない方のディスプレイにウィンドウが移動したりするので注意が必要です。
「Print Screen」キーでスクリーンショットを撮って、「ペイント」に貼り付けて確認するなどすれば状況は確認できます。・・・面倒ですけど。
あとはタスクバーでアプリを選択後に、「Shift」+「Windowsキー」+「←」、あるいは「Shift」+「Windowsキー」+「→」などの操作で、該当のウィンドウをディスプレイ間で移動できます。